La notion de continuité écologique des cours d’eau a été introduite par la Directive Cadre sur l’Eau, comme un élément contribuant au bon état écologique des cours d’eau. Le maintien et la restauration de cette continuité nécessite d’aménager voire d’effacer de nombreux obstacles. C’est une des raisons ayant conduit à la décision d’effacer les barrages de la Sélune. Avec ces deux grands barrages, la Sélune est un cas d’étude unique en Europe et nécessite un suivi scientifique complet.