La remise en continuité de la Sélune va rétablir les flux d’éléments nutritifs et de matière organique d’origine terrestre qui étaient, auparavant, interceptés par les lacs de retenue. Cela va modifier le fonctionnement écologique de la baie du Mont Saint-Michel. Des travaux préliminaires réalisés dans le cadre du programme scientifique révèlent que ces habitats ont une valeur particulière en tant que nourriceries pour des espèces vivant sur le fond, notamment des poissons à fort intérêt commercial comme le bar et le flet.

L’observatoire suit les communautés bentho-démersales (c.-à-d., vivant proche du fond) afin de comprendre comment l’écosystème « Petite Baie du Mont » est susceptible d’évoluer suite au changement de la dynamique hydro-sédimentaire de la Sélune. La prise en compte de cette partie dans l’Observatoire Sélune offre l’opportunité d’une vision plus intégratrice de l’effet de la remise en continuité de la Sélune en prenant en compte le continuum eau douce – eau de mer.