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La restauration de la continuité de la Sélune va profondément modifier la distribution des espèces de poissons dans le bassin versant. En particulier, les poissons migrateurs amphihalins (qui migrent entre l’océan et la rivière au cours de leur vie) vont pouvoir à nouveau circuler dans la Sélune. Ces espèces n’ont jamais réellement quitté la Sélune après la construction des barrages il y a un siècle. Mais elles étaient cantonnées dans la partie aval de la rivière, jusqu'au pied des barrages. Le rétablissement de la continuité écologique doit leur permettre de recoloniser la Sélune et ses affluents à l’amont du bassin versant.

Plusieurs poissons amphihalins sont présents dans la Sélune : la lamproie marine, la lamproie fluviatile, la truite de mer, le saumon atlantique et l’anguille européenne notamment. On note aussi la présence du mulet porc et du flet commun, deux espèces marines qui fréquentent la partie aval de la Sélune uniquement.

Des inventaires par pêche à l’électricité et des suivis de frayères (les nids des poissons) permettent de suivre leur progression vers l’amont depuis l’enlèvement des barrages.