Glossaire

"A - E"

• Abiotique : En écologie, se dit d'un facteur lié au milieu, indépendant des êtres vivants
• Amphihalin : Se dit d'une espèce migrant entre le milieu marin et un milieu dulçaquicole (eaux douces)
• Anadrome : Se dit d'une espèce se reproduisant dans les fleuves, rivières ou ruisseaux, et repartant à la mer pour y grandir (ex : saumons, aloses, truite de mer, lamproies)
• Biocénose : Ensemble des êtres qui vivent dans les mêmes conditions de milieu, dans un espace donné
• Benthos : ensemble des organismes aquatiques vivant en relation étroite (directement dessus ou à son voisinage immédiat) avec le fond marin (au contraire du pélagos)
• Benthique : Relatif au fond des mers ou des eaux douces, quelle qu'en soit la profondeur. Synonyme : démersal
• Catadrome : Inversement, se dit d'une espèce se reproduisant en mer et grandissent en eau douce (ex : anguille, flet, mulet porc).
• Continuité écologique : Libre circulation des organismes vivants et leur accès aux zones de reproduction, de croissance, d’alimentation ou d’abri ainsi que le transport naturel des sédiments d’amont en aval et d’une rive à l’autre. 
• Démantèlement : Opération technique visant à la suppression d'un obstacle (type barrage) sur un cours d'eau
• Dévalaison : Action de descendre un cours d'eau de l'amont vers l'aval pour un poisson migrateur
• Diadrome : se dit d'une espèce de poisson migratrice qui effectue une partie de son cycle vital en fleuve-rivière et le reste en mer ou inversement. Cela regroupe donc à la fois les espèces anadromes (ex : saumons, aloses, truite de mer, lamproies) et catadromes (ex : anguille, flet, mulet porc).
• Effacement : Opération générale (incluant le démantèlement mentionné précédemment) visant au retour au cours initial d'un cours d'eau

"F - K"

• Frayère : lieu aquatique où se reproduisent les poissons et les amphibiens et par extension les mollusques et les crustacés.
• Hyporéique : Se dit du milieu existant dans les interstices d'un sédiment saturé en eau. Une zone hyporhéique existe sous un estuaire dominé par une rivière et qui s'étend sur la frontière eau douce/eau saumâtre/eau salée. Pour plus de détails, voir l'eau saumâtre, la zone d'eau saumâtre et la description de l'eau douce. La zone hyporhéique de l'estuaire n'est donc pas seulement influencée par les eaux de surface et, vraisemblablement, les échanges estuariens d'eaux souterraines, mais est encore compliquée, biologiquement, par un gradient de salinité qui la traverse.
• Guideau : Type de Pêche qui s’établit dans le lit des rivières et au bord de la mer, au moyen de grands entonnoirs qu’on forme avec des filets qui se touchent et dont la pointe aboutit à l’entrée d’un filet en forme de nasse pour y conduire le poisson (verveux s'emploie également pour ce type de pêche).

"L - Q"

• LIDAR : Technologie s'appuyant sur un appareil permettant de calculer la distance d'un objet par l'émission et la réception de l'onde lumineuse émise par un faisceau laser. Le faisceau pouvant être émis de façon répétée automatiquement par balayage, cela permet de cartographier une zone en 3 dimension.
• Lentique : se dit d'un milieu aquatique d'eaux douces à circulation lente ou nulle.
• Lotique : se dit de ce qui est propre aux eaux courantes, ou relatif à des eaux courantes, quand le débit horaire d'un cours d'eau a une certaine vitesse. Les eaux lotiques sont l'opposé des eaux stagnantes lentiques.
• Macrobenthos : sous-ensemble du benthos aquatique, du plancton, dont la particularité est d'être visible à l'oeil nu (s'opposant en cela au microbenthos).
• Macroinvertébré : ensemble des animaux visibles à l’œil nu (généralement d'une taille supérieure à 0.5 mm) et qui ne possèdent pas de squelette. Les macroinvertébrés aquatiques vivent dans les cours d'eau sur et dans les sédiments.
• Macrophyte : végétal aquatique de zones humides continentales (habituellement gorgées ou inondées d'eau douce) et littorales (eau salée ou saumâtre), visible à l'œil nu.
• Métadonnée : « Donnée à propos de donnée », se dit d'une donnée (information) servant à définir ou décrire une autre donnée (information) quel que soit son support (papier ou électronique). Elle répond, généralement, aux questions Quoi ? Qui ? Quand ? Où ? et Comment concernant une information : que décrit cette information ? qui a produit cette information ? Quand cette information a-t-elle été produite ? et Quand est-elle mise à jour ? Où cette information a-t-elle été produite ou quel espace concerne-t-elle ? et Comment cette information a-t-elle été produite ?
• Montaison : action de remonter un cours d'eau de l'aval vers l'amont pour un poisson migrateur.
• Pelagos : ensemble des organismes vivants en milieu pélagique, sans relation avec le fond.
• Périphyton : ensemble des organismes aquatiques qui vivent fixés à la surface des plantes ou des objets immergés dans les cours d’eau ou dans les lacs.
• Phénotypique : relatif au phénotype. Se dit d'un caractère, transmissible ou non à la descendance.
• Phytoplancton : ensemble des cyanobactéries et microalgues (végétaux microscopiques) invisibles à l'oeil nu et présentes dans les eaux de surface et qui dérivent au gré des courants.
• PIT-tag : transpondeur implantable utilisé pour l’identification unique d’articles individuels. Leur petite taille, leur biocompatibilité et la fréquence à laquelle ils transmettent l’information les rendent idéaux pour l’identification et le suivi de la faune, y compris les poissons, les oiseaux, les reptiles ou les mammifères.
• Propoagule : est définie comme tout germe, partie ou structure d'un organisme (plante, champignon, ou bactérie), produit sexuellement ou asexuellement, capable de se développer séparément pour donner naissance à un nouvel organisme identique à celui qui l'a formé.

"R - V"  

• Réseau trophique : représentation de l’ensemble des interactions d’ordre alimentaire entre les êtres vivants d’un écosystème. Parmi ces interactions on retrouve, par exemple, la prédation, le parasitisme, la décomposition de la matière organique ou encore la consommation de plantes.
• Riparien : décrit ce qui a trait aux rives d'une rivière. La zone riparienne (ou ripicole ou rivulaire) est donc la zone plus ou moins large longeant un cours d'eau et recouverte de végétation appelée ripisylve, forêt galerie ou bande enherbée selon la nature de celle-ci. 
• Ripisylve : ensemble des formations boisées, buissonnantes et herbacées présentes sur les rives d'un cours d'eau, d'une rivière ou d'un fleuve (la notion de rive désignant le bord du lit mineur ou encore lit ordinaire, hors crues du cours d'eau non submergée à l'étiage).
• Rivulaire : se dit d'un organisme vivant dans les ruisseaux ou sur leur bords.
• Thalassotoque : Se dit d'un organisme thalassotoque dont l'aire de reproduction se trouve dans l'océan (catadrome). 

"W - Z"

• Zooplancton : ensemble de plancton animal, pour la plupart microscopiques, constitué d'un grand nombre d'espèces animales d'une grande diversité morphologique.