Zoom sur le SI - intégration des données biofilms

De quelles données est-il question ?

Cet article traite spécifiquement de l'intégration dans le système d'informations SI Sélune des données associées aux biofilms photosynthétiques dont la présence et la richesse spécifique renseigne sur la la stabilité des écosystèmes.

Dans le cadre de l'Observatoire Sélune, les stations sont échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), les concentrations journalières en chlorophylle a et phéopigments sont mesurées.

Les données mises à disposition dans SISélune respectent INSPIRE et s'appuient sur les principes F.A.I.R. Data.

Les métadonnées concernées

Le paragraphe ci-dessous propose les accès aux fiches de métadonnées écrites spécifiquement pour les données d'Indice IBD, les listes floristiques associées ainsi que les concentration en chlorophylle-a et phéopigments sur l'observatoire Sélune. Ces fiches décrivent les données proposées, les modalités d'acquisition, leur temporalité et spatialisation.

4 fiches de métadonnées décrivent ainsi ces données :

• Secteurs d'études des biofilms photosynthétiques- Observatoire Sélune
• Indices biologiques basés sur les diatomées - Observatoire Sélune
• Listes floristiques des indices biologiques basés sur les diatomées - Observatoire Sélune
• Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune

Consulter / Télécharger les données

1. Via les métadonnées

Chacune des fiches de métadonnées permet d'accéder, via des liens de téléchargement, aux données au format CSV, JSON et shapefile (SHP). 

2. Via le portail cartographique

Le portail cartographique, accessible via l'url : https://geosas.fr/selune/#, présente ces jeux de données dans le thème "Observatoire Sélune" et le sous-thème "Bioindicateurs".

La couche "Biofilms : Indices biologiques (IBD EQR) et listes floristiques" permet de visualiser l'indice normalisé via un code couleur correspondant à une classe de qualité (mauvais, médiocre, moyen, bon et très bon), par défaut, sur la dernières campagnes réalisées.

Il est possible de changer cette campagne en cliquant sur le pictogramme "V" situé sous la légende de la couche. Cela laisse apparaître une liste déroulante "Choix de la campagne" permettant ce choix.

Une fois cette couche affichée, il est possible de consulter les informations spécifiques à chaque station pour la campagne sélectionnée, notamment : 

• la valeur de l'indice IBD pour la station et la campagne sélectionnée,
• l'évolution de l'indice IBD, sur deux graphiques (le 1^er uniquement pour la station sélectionnée sur l'ensemble de la période d'acquisition et le 2^nd pour l'ensemble des stations et sur l'ensemble de la période d'acquisition),
• l'évolution des concentrations moyennes journalières de chlorophylle-a (Bentotorch vs. spectrométrie), sur un graphique présentant les 5 stations sur la dernière campagne.

Le détail d'une station permet également :

• d'accéder à une page du site web fournissant de la contextualisation à ce suivi scientifique de l'observatoire,
• d'accéder directement aux fiches de métadonnées associées à ces jeux de données,
• de télécharger les données au format CSV et JSON (format shapefile uniquement via les fiches de métadonnées).

3. via le serveur cartographique

Les urls d'accès permettant d'obtenir les couches de donnée du SI Sélune sont les suivantes :

• WMS : https://geosas.fr/geoserver/selune/wms
• WFS : https://geosas.fr/geoserver/selune/wfs

Les couches permettant de récupérer les données IBD : 

• Secteurs d'études des biofilms photosynthétiques- Observatoire Sélune : v_bioc_biofilm_sctr_biofilm_session
• Indices biologiques basés sur les diatomées - Observatoire Sélune : v_bioc_biofilm_eval_biofilm
• Listes floristiques des indices biologiques basés sur les diatomées - Observatoire Sélune : v_bioc_biofilm_ind_biofilm
• Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune : v_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm